祁连山地处青藏高原东北边缘，南北跨越青海、甘肃两省。其独特的地理区位在维护青藏高原生态平衡，阻止腾格里、巴丹吉林和库姆塔格三大沙漠南侵，维持走廊绿洲稳定，保障黄河径流补给，构筑我国西北内陆生态屏障方面具有极其重要的作用。长期以来，由于受大气环境变化和人为因素影响，导致祁连山冰川萎缩、雪线上升、天然植被退化、荒漠化和水土流失加重、出山径流量减少等严重的生态问题，不仅影响周边地区经济社会可持续发展，而且对我国西部地区生态安全构成了严重威胁。祁连山生态环境面临的严峻形势引起了党中央、国务院的高度重视和社会各界的广泛关注，温家宝总理多次作出批示，明确指出“千方百计不使祁连山环境恶化、冰川消失。”为了落实中央领导的批示精神，加强祁连山地区生态保护与治理，在国家发展改革委等相关部委指导和支持下，青海和甘肃两省编制了《祁连山水源涵养区生态环境保护和综合治理规划》。
2012年12月28日，国家发展改革委正式批复《祁连山生态保护与综合治理规划（2012-2020）》。《规划》的批复，标志着祁连山生态保护与建设综合治理工程即将启动实施。《规划》范围包含祁连山南坡（青海）和北坡（甘肃），行政区域涉及甘肃、青海两省23个县（市、区、场、行委），总面积159468.8平方公里,其中北坡11个县（区、场）80个乡镇及山丹马场，面积96343.6平方公里；南坡10个县（市、行委、场）60个乡镇及大通牛场，面积 63125.2平方公里。主要建设内容包括林地保护和建设、草地保护和建设、湿地保护和建设、水土保持、冰川环境保护、生态保护支撑工程以及科技支撑工程七项内容，青海境内总投资达35亿元。《规划》建设期限为2012-2020年。
祁连山生态保护与综合治理工程是我省继三江源、青海湖两项目后争取到的又一个重大生态环境综合治理项目。该项目的实施，可有效保护和恢复祁连山地区生态环境，维护该地区生态系统的稳定，同时可极大地改善区域内农牧民的生产生活条件。
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